近年來，企業(yè)所得稅優(yōu)惠事項管理方式是一個逐步變革的過程，大體分為三個階段：

一是2008年之前。《國家稅務(wù)總局關(guān)于印發(fā)〈減免稅管理辦法（試行）〉的通知》（國稅發(fā)〔2005〕129號）將減免稅項目劃分為報批類和備案類兩種，其中備案為事前備案，全部屬于行政審批方式。

二是2008年實施新企業(yè)所得稅法后，為加強企業(yè)所得稅優(yōu)惠政策管理，在國稅發(fā)〔2005〕129號文件基礎(chǔ)上，稅務(wù)總局印發(fā)《國家稅務(wù)總局關(guān)于企業(yè)所得稅稅收優(yōu)惠管理問題的補充通知》（國稅函〔2009〕255號），將備案管理進一步細分為事先備案和事后報送相關(guān)資料兩種方式，明確了實施審批管理的所得稅優(yōu)惠項目。

三是進一步清理審批事項，實行清單管理。2014年2月，國家稅務(wù)總局2014年第10號公告公布了7項行政許可和80項非行政許可事項，清單中包括20多項企業(yè)所得稅優(yōu)惠政策非行政許可審批事項，在清單之外的其他企業(yè)所得稅優(yōu)惠事項不再保留審批。2014年4月，國務(wù)院《關(guān)于清理國務(wù)院部分非行政許可審批事項的通知》（國發(fā)〔2014〕16號），要求各部委進一步清理非行政許可審批事項，取消面向公民、法人或其他組織的非行政許可審批事項。

按照轉(zhuǎn)變政府職能、明確稅企責(zé)權(quán)、減輕企業(yè)負擔(dān)的原則，經(jīng)過1年多清理工作，稅務(wù)總局先后印發(fā)了《關(guān)于部分稅務(wù)行政審批事項取消后有關(guān)管理問題的公告》（國家稅務(wù)總局公告2015年第56號）和《關(guān)于公布已取消的22項稅務(wù)非行政許可審批事項的公告》（國家稅務(wù)總局公告2015年第58號），明確對企業(yè)所得稅優(yōu)惠事項全部取消審批，一律實行備案管理方式。