1.資產類項目的計稅基礎確定不當未進行調整。按稅法規(guī)定確定的資產類項目的計稅基礎金額，是能夠在稅收上得到補償的，反之，不按稅法規(guī)定確定的資產類項目的計稅基礎金額，就不能夠在稅收上得到補償，即不能在稅前扣除，因此，在匯算清繳中對不按稅法規(guī)定確定的資產類項目的計稅基礎金額，就要進行調整，而在實務中計稅基礎確定不當的情形常有以下三種：一是自行建造的固定資產，未以竣工結算前發(fā)生的支出為計稅基礎，如將竣工結算后發(fā)生的借款利息等也列入計稅基礎之中；二是通過捐贈、投資、非貨幣性資產交換、債務重組等方式取得的固定資產，未以該資產的公允價值和支付的相關稅費為計稅基礎，而是以自行確定的或以雙方合同確定的價值，以及支付的相關稅費為計稅基礎；三是外購的無形資產，應以購買價款和支付的相關稅費以及直接歸屬于使該資產達到預定用途發(fā)生的其他支出為計稅基礎，而有些企業(yè)將不直接歸屬于使該資產達到預定用途發(fā)生的其他支出，如將購置前為引入新產品進行宣傳發(fā)生的廣告費、管理費用以及其他間接費用也計入計稅基礎之中，還有的企業(yè)還將無形資產已達到預定用途以后發(fā)生的費用。例如，在形成預定經濟規(guī)模之前發(fā)生的初始運作損失，以及在無形資產達到預定用途之后發(fā)生的其他經營活動的支出，也計入無形資產成本，以擴大無形資產的計稅基礎，從而多計攤銷，少計應納稅所得。
2.計提的固定資產折舊或無形資產攤銷不當未進行納稅調整。此方面常有四種表現(xiàn)：（1）固定資產應按直線法計提折舊，而實務中，有些企業(yè)對一些新購的較大數額的固定資產，未經主管稅務機關批準，就按雙倍余額遞減法或按年數總和法等加速折舊的方法計提折舊，在匯算清繳中也不進行納稅調整。（2）企業(yè)應當自固定資產投入使用月份的次月起計算折舊；而一些企業(yè)在投入使用的當月就計提折舊，在匯算清繳中亦未進行納稅調整。（3）因確定的折舊或攤銷的最低年限不當而計提的折舊或攤銷，在匯算清繳中未進行納稅調整。如按《實施條例》第六十條規(guī)定，除另有規(guī)定外，飛機、火車、輪船、機器、機械和其他生產設備的最低年限為10年，可有些企業(yè)對一些機器、機械和其他生產設備，卻按8年或5年計提折舊；再如無形資產的攤銷年限不得低于10年，而一些企業(yè)則按低于10年的期限進行攤銷，并在匯算清繳中遺漏對此進行的納稅調整。（4）計提的固定資產折舊或無形資產攤銷與其計稅基礎不相對應的未進行納稅調整。這主要指一些企業(yè)在當年購買了一項固定資產或無形資產，并在其投入使用月份的次月起計提了折舊或攤銷，但年終前未能取得相關發(fā)票，則該項固定資產或無形資產的計稅基礎應為零，即稅前列支的折舊或攤銷也應為零，企業(yè)就要對計提的折舊或攤銷，進行納稅調整，而現(xiàn)實中不少企業(yè)就沒有進行納稅調整。
3.未經批準的資產損失支出未進行納稅調整。按照財稅[2009]57號文件規(guī)定，資產損失包括：現(xiàn)金損失、存款損失、壞賬損失、貸款損失、股權投資損失、固定資產和存貨的盤虧、毀損、報廢、被盜損失、自然災害等不可抗力因素造成的損失以及其他損失。同時，按照國稅發(fā)[2009]88號文件規(guī)定，企業(yè)實際發(fā)生的資產損失按稅務管理方式可分為自行計算扣除的資產損失和須經稅務機關審批后才能扣除的資產損失兩大類。上述規(guī)定表明，企業(yè)經營發(fā)生的資產損失并非全部能夠自行計算扣除，部分資產損失須經稅務機關審批后方可列支，因此，對于那些須經稅務機關審批，但未獲得批準即未取得批文的資產損失列支，就要進行納稅調整，而在匯算清繳中，他們則是未能做到正確調整。