不應扣除的成本費用未調(diào)整應納稅所得。這種錯誤在現(xiàn)實中較多，一是以不合規(guī)票據(jù)列支的成本費用未能調(diào)整應納稅所得。實務中，有些企業(yè)經(jīng)常以“無抬頭”、“抬頭名稱不是本企業(yè)”、“抬頭為個人”或以前年度發(fā)票為依據(jù)列支成本費用，這些成本費用違反了稅法所要求的真實性原則，應當調(diào)整應納稅所得，而在實際工作中未調(diào)整應納稅所得。二是因核算不正確或不準確而多結轉(zhuǎn)的成本費用未調(diào)整應納稅所得。如一些企業(yè)隨意改變成本核算、成本結轉(zhuǎn)方法，以致于違反會計準則多結轉(zhuǎn)生產(chǎn)成本費用，按照稅法規(guī)定，這些多結轉(zhuǎn)的生產(chǎn)成本費用就不能扣除，就應調(diào)整應納稅所得，而在實際操作中沒有調(diào)整應納稅所得。三是未實際發(fā)放的工資未調(diào)整應納稅所得。依照稅法規(guī)定，可以在企業(yè)所得稅稅前扣除的工資應當是企業(yè)已實際發(fā)放且屬于合理的工資，而那些未實際發(fā)放，如一些企業(yè)計提未發(fā)給職工的工資，就應調(diào)整應納稅所得，可在現(xiàn)實中不少企業(yè)就沒有調(diào)整應納稅所得。
權益性投資所得未按規(guī)定調(diào)整應納稅所得。一種情形是符合條件的居民企業(yè)之間的股息、紅利等權益性投資收益，來按規(guī)定調(diào)整應納稅所得。所謂符合條件是指居民企業(yè)直接投資于其他居民企業(yè)取得的投資收益；另一種情形是在中國境內(nèi)設立機構場所的非居民企業(yè)從居民企業(yè)取得與該機構場所有實際聯(lián)系的股息、紅利等權益性投資收益，未按規(guī)定調(diào)整應納稅所得。須注意的是上述兩方面所取得的股息、紅利等權益性投資收益，均不包括連續(xù)持有居民企業(yè)公開發(fā)行并上市流通的股票不足12個月取得的投資收益。
從事農(nóng)、林、牧、漁業(yè)項目的所得未調(diào)減應納稅所得。就是一些企業(yè)將全額調(diào)減與減半調(diào)減相混淆。按稅法規(guī)定，企業(yè)從事下列項目（①蔬菜、谷物等的種植；②農(nóng)作物新品種的選育；③中藥材的種植；④林木的培育和種植；⑤牲畜、家禽的飼養(yǎng)；⑥林產(chǎn)品的采集；⑦農(nóng)、林、牧、漁服務業(yè)項目；⑧遠洋捕撈）的所得，應全額調(diào)減應納稅所得，而有的企業(yè)減半調(diào)減；也有一些企業(yè)對從事花卉、茶以及其他飲料作物和香料作物的種植；海水養(yǎng)殖、內(nèi)陸?zhàn)B殖項目的所得，應減半調(diào)減應納稅所得，而一些企業(yè)則是全額調(diào)減。
從事國家重點扶持的公共基礎設施項目的所得未按規(guī)定調(diào)減應納稅所得。如企業(yè)從事《公共基礎設施項目企業(yè)所得稅優(yōu)惠目錄》規(guī)定的港口碼頭、機場、鐵路、公路、城市公共交通、電力、水利等項目的投資經(jīng)營所得，自項目取得第一筆生產(chǎn)經(jīng)營收入所屬納稅年度起，第一年至第三年應全額調(diào)減應納稅所得，第四年至第六年應減半調(diào)減應納稅所得，而不少企業(yè)在匯算清繳中卻是全額調(diào)減。還有的企業(yè)承包經(jīng)營、承包建設和內(nèi)部自建自用上述項目，按稅法規(guī)定不得調(diào)減應納稅所得，而這些企業(yè)在匯算清繳中全額調(diào)減或減半調(diào)減應納稅所得。
從事符合條件的環(huán)境保護、節(jié)能節(jié)水項目的所得未按規(guī)定調(diào)減應納稅所得。一些企業(yè)從事符合國家所明確規(guī)定的公共污水處理、公共垃圾處理、沼氣綜合開發(fā)利用、節(jié)能減排技術改造、海水淡化等項目的具體條件和范圍的所得，按稅法規(guī)定，自項目取得第一筆生產(chǎn)經(jīng)營收入所屬納稅年度起，第一年至第三年可全額調(diào)減應納稅所得，第四年至第六年只能減半調(diào)減應納稅所得，而有些企業(yè)在第四年至第六年仍然全額調(diào)減應納稅所得。
符合條件的技術轉(zhuǎn)讓所得未按規(guī)定調(diào)減應納稅所得。按稅法規(guī)定，一個納稅年度內(nèi)，居民企業(yè)技術轉(zhuǎn)讓所得不超過500萬元的部分，應全額調(diào)減應納稅所得；超過500萬元的部分，只能減半調(diào)減應納稅所得，可一些企業(yè)卻是全額調(diào)減應納稅所得。
加計扣除事項未按規(guī)定調(diào)減應納稅所得。一種情況是企業(yè)為開發(fā)新技術、新產(chǎn)品、新工藝發(fā)生的研究開發(fā)費用，未形成無形資產(chǎn)計入當期損益的，在按照規(guī)定據(jù)實調(diào)減應納稅所得的基礎上，不是按照研究開發(fā)費用的50%加計調(diào)減應納稅所得；形成無形資產(chǎn)的，不是按照無形資產(chǎn)成本的150%攤銷；另一種情況是企業(yè)安置殘疾人員的，在按照支付給殘疾職工工資據(jù)實調(diào)減應納稅所得的基礎上，不是按照支付給殘疾職工工資的100%加計調(diào)減應納稅所得。
創(chuàng)投企業(yè)未按規(guī)定調(diào)減應納稅所得。少數(shù)創(chuàng)投企業(yè)采取股權投資方式投資于未上市的中小高新技術企業(yè)2年以上的，不是按照其投資額的70%在股權持有滿2年的當年抵扣該創(chuàng)業(yè)投資企業(yè)的應納稅所得額，而是按照其投資額的80%或更多甚至于全額調(diào)減應納稅所得。
資源綜合利用所得未按規(guī)定調(diào)減應納稅所得。企業(yè)以《資源綜合利用企業(yè)所得稅優(yōu)惠目錄》規(guī)定的資源作為主要原材料，且該原材料占生產(chǎn)產(chǎn)品材料的比例不低于《資源綜合利用企業(yè)所得稅優(yōu)惠目錄》規(guī)定標準的，生產(chǎn)國家非限制和禁止并符合國家和行業(yè)相關標準的產(chǎn)品取得的收入，應減按90%計入收入總額，而在實務中有些企業(yè)不是未減按90%比例計入收入總額，就是原材料占生產(chǎn)產(chǎn)品材料的比例低于《資源綜合利用企業(yè)所得稅優(yōu)惠目錄》規(guī)定的標準，仍然減按90%計入收入總額。