由于企業(yè)財務(wù)、會計處理方法與國家有關(guān)稅收法規(guī)存在一定差異，同時，歲末年初各企業(yè)都要在較短的期限內(nèi)完成企業(yè)所得稅匯算清繳工作，時間緊，加之受利益因素影響，這不僅容易使一些企業(yè)財會人員在匯算清繳企業(yè)所得稅工作中發(fā)生這樣那樣的錯誤，更重要的是給后來接受此類審計業(yè)務(wù)的注冊會計師，帶來很大的審計難度和風(fēng)險。
1.視同銷售取得的收入未調(diào)增應(yīng)納稅所得。視同銷售取得的收入在會計上一般不確認(rèn)為會計收入，但對照《企業(yè)所得稅法實(shí)施條例》（以下簡稱《實(shí)施條例》）第二十五條規(guī)定，應(yīng)當(dāng)視同銷售貨物的非貨幣性資產(chǎn)交換，以及用于捐贈、償債、贊助、集資、廣告、樣品、職工福利或者利潤分配等用途的貨物、財產(chǎn)、勞務(wù)，應(yīng)計入當(dāng)期的應(yīng)稅收入。而在所得稅匯算清繳實(shí)際工作中，不少企業(yè)對記入營業(yè)費(fèi)用的交客戶試用的產(chǎn)品、以及將產(chǎn)品發(fā)給職工作為福利和記入應(yīng)付福利費(fèi)的勞保費(fèi)用，都沒有調(diào)增應(yīng)納稅所得。
2.企業(yè)為投資者或者職工支付的商業(yè)保瞼費(fèi)以及超標(biāo)準(zhǔn)支出的財產(chǎn)保險等保險費(fèi)，未調(diào)增應(yīng)納稅所得。按《實(shí)施條例》有關(guān)規(guī)定，企業(yè)為投資者或者職工支付的商業(yè)保險費(fèi)以及超標(biāo)準(zhǔn)支出的財產(chǎn)保險等保險費(fèi)，就應(yīng)調(diào)增應(yīng)納稅所得，而一些企業(yè)沒有調(diào)增。
3.超過規(guī)定標(biāo)準(zhǔn)發(fā)生的利息費(fèi)用未調(diào)增應(yīng)納稅所得。實(shí)務(wù)中有三種錯誤表現(xiàn)：（1）向非金融企業(yè)借款超過按照金融企業(yè)同期同類貸款利率計算的利息費(fèi)用，未調(diào)增應(yīng)納稅所得；（2）在生產(chǎn)經(jīng)營活動中發(fā)生的需要資本化的利息費(fèi)用，未調(diào)增應(yīng)納稅所得；（3）從其關(guān)聯(lián)方接受的債權(quán)性投資與其權(quán)益性投資比例超過規(guī)定標(biāo)準(zhǔn)發(fā)生的利息費(fèi)用未調(diào)增應(yīng)納稅所得。
4.超標(biāo)的業(yè)務(wù)招待費(fèi)未調(diào)增應(yīng)納稅所得。一些企業(yè)對發(fā)生的與生產(chǎn)經(jīng)營活動有關(guān)的業(yè)務(wù)招待費(fèi)支出，除了按《實(shí)施條例》第四十三條規(guī)定，扣除發(fā)生額的60%外，其余40%部分的業(yè)務(wù)招待費(fèi)以及超過當(dāng)年銷售（營業(yè)）收入5‰的業(yè)務(wù)招待費(fèi)，沒有調(diào)增應(yīng)納稅所得。
5.不符合條件的廣告贊和業(yè)務(wù)宣傳費(fèi)支出來調(diào)增應(yīng)納稅所得。對不符合條件的廣告費(fèi)和業(yè)務(wù)宣傳費(fèi)支出，如企業(yè)發(fā)生的與生產(chǎn)經(jīng)營活動無關(guān)的非廣告性質(zhì)的贊助支出，就不能扣除，就應(yīng)調(diào)增應(yīng)納稅所得。
6.不合規(guī)的公益性捐贈支出未調(diào)增應(yīng)納稅所得。一種情形是不屬于規(guī)定的公益性捐贈支出的非公益、救濟(jì)性捐贈支出，未調(diào)增應(yīng)納稅所得；另一種情形是企業(yè)發(fā)生的公益性捐贈支出，超過年度利潤總額（是指企業(yè)依照國家統(tǒng)一會計制度的規(guī)定計算的年度會計利潤）12%的部分，未調(diào)增應(yīng)納稅所得。
7.不合規(guī)的企業(yè)之間各種支出未調(diào)增應(yīng)納稅所得。企業(yè)之間支付的管理費(fèi)、租金、利息和特許權(quán)使用費(fèi)等，都要調(diào)增應(yīng)納稅所得，而一些企業(yè)沒有調(diào)增應(yīng)納稅所得。
8.未經(jīng)核定的準(zhǔn)備金支出未調(diào)增應(yīng)納稅所得。屬于不符合財政、稅務(wù)主管部門規(guī)定的各項(xiàng)資產(chǎn)減值準(zhǔn)備、風(fēng)險準(zhǔn)備等準(zhǔn)備金支出，在匯算清繳時也應(yīng)調(diào)增應(yīng)納稅所得，而常被一些企業(yè)漏掉。
9.因發(fā)生損失收取的責(zé)任人賠償和保險賠款未調(diào)增應(yīng)納稅所得。企業(yè)發(fā)生損失，對已作為損失處理后又收回的責(zé)任人賠償和保險賠款，也應(yīng)作為計稅收入，調(diào)增應(yīng)納稅所得，可有些企業(yè)在匯算清繳中也未能調(diào)增應(yīng)納稅所得。還有些企業(yè)對已經(jīng)作為損失處理的資產(chǎn)，在以后納稅年度又全部或者部分收回的，也未能作為收入調(diào)增應(yīng)納稅所得。
10.專項(xiàng)資金提取后改變用途的未調(diào)增應(yīng)納稅所得。一些企業(yè)依照法律、行政法規(guī)等有關(guān)規(guī)定提取的用于環(huán)境保護(hù)、生態(tài)恢復(fù)等方面的專項(xiàng)資金，但上述專項(xiàng)資金提取后改變用途的，就不能在稅前扣除，應(yīng)當(dāng)調(diào)增應(yīng)納稅所得，而有些企業(yè)并沒有這樣做。
11.發(fā)生的罰款、罰金、滯納金未調(diào)增應(yīng)納稅所得。一些企業(yè)因違反法律、行政法規(guī)而支付的罰款、罰金、滯納金，應(yīng)調(diào)增應(yīng)納稅所得，而在匯算清繳中也未能調(diào)增應(yīng)納稅所得。