設計工程項目內部控制，就是在評估工程項目風險的基礎上，對工程項目內部控制進行設計的過程，這也是工程項目內部控制設計的關鍵環(huán)節(jié)。工程項目內部控制設計的基本程序包括：確定工程項目關鍵控制點；明確工程項目內部控制目標；提出工程項目內部控制措施；設計工程項目內部控制證據(jù)；完善工程項目內部控制相關制度；繪制工程項目內部控制流程圖；編制工程項目內部控制矩陣。

　　1、設計關鍵控制點。企業(yè)在構建與實施工程項目內部控制過程中，要針對工程項目風險評估的結果，確定工程項目的一般控制點和關鍵控制點，并編制工程項目控制要點表。確定工程項目的一般控制點和關鍵控制是件很困難的事，要根據(jù)企業(yè)實際情況確定，也因人們的專業(yè)判斷的不同而不同?！镀髽I(yè)內部控制應用指引第11號——工程項目》（以下簡稱《第11號應用指引》）將工程項目業(yè)務流程界定為企業(yè)工程立項、工程招標、工程造價、工程建設、工程驗收等活動。

　　2、設計控制目標。工程項目內部控制目標就是要保證工程項目合法、安全、有效、可靠，從而有效控制可能發(fā)生的風險。這些風險包括：立項缺乏可行性研究或者可行性研究流于形式，決策不當，盲目上馬，可能導致難以實現(xiàn)預期效益或項目失?。豁椖空袠税迪洳僮?，存在商業(yè)賄賂，可能導致中標人實質上難以承擔工程項目、中標價格失實及相關人員涉案；工程造價信息不對稱，技術方案不落實，概預算脫離實際，可能導致項目投資失控；工程物資質次價高，工程監(jiān)理不到位，項目資金不落實，可能導致工程質量低劣，進度延遲或中斷；竣工驗收不規(guī)范，最終把關不嚴，可能導致工程交付使用后存在重大隱患等方面的風險。實際工作中，工程項目內部控制目標應根據(jù)識別出來的工程項目可能存在的具體風險來設計，不能固定化、模式化。

　　一般來說，工程項目內部控制目標包括：一是保證工程項目立項的合法性。企業(yè)的工程項目應當符合國家政策，符合工程項目建設的有關法律法規(guī)的具體規(guī)定。二是保證工程項目立項的合理性。通過內部控制保證工程項目竣工交付使用后能夠帶來預期的經(jīng)濟效益和社會效益。三是保證工程項目的實施過程符合國家的各項規(guī)范。工程項目實施過程的咨詢、評估、招標、評標、定標、簽訂合同、工程施工、工程監(jiān)理等，都必須符合國家有關工程項目的規(guī)范性要求。四是保證工程項目業(yè)務記錄的真實性和完整性。通過內部會計控制保證工程項目業(yè)務記錄的真實性和完整性，使會計資料能夠真實、全面、準確地反映工程項目的情況。五是保證工程項目的費用支出按預算進行控制。正確、及時地進行工程項目成本核算，按工程預算控制工程項目的費用支出，努力節(jié)約支出，降低成本。六是確保工程項目按時竣工、驗收，并發(fā)揮效益。當然，工程質量是很重要的，也應重點關注質量控制。

　　3、設計控制措施。企業(yè)在構建與實施工程項目內部控制過程中，要強化對工程項目控制點，尤其是關鍵控制點的風險控制，并采取相應的控制措施。企業(yè)工程項目控制措施要與擔保業(yè)務相融合，嵌入到工程項目流程當中。

　　4、設計控制證據(jù)。為了工程項目內部控制制度能夠有效實施，工程項目內部控制設計者需要制定必要的表單，為工程項目過程留下控制證據(jù)。工程項目相關表單很多，包括項目可行性研究報告、初步設計、概算及其調整批復的文件、招投標文件、歷年投資計劃、工程項目預算、承包合同、工程竣工決算、有關的財務核算制度、辦法等。

　　5、優(yōu)化控制制度。實際上，構建企業(yè)工程項目內部控制制度并不是再獨立地建立一套新的制度，而是將內部控制思想嵌入到工程項目整個環(huán)節(jié)中去。工程項目內部控制制度到底制定多少個，內容包括哪些，這因企業(yè)的不同而不同。從務實的角度考慮，工程項目內部控制制度不宜越多越好。企業(yè)可以制定一個統(tǒng)一的工程項目管理制度，內容至少應明確工程立項、招標、造價、建設、驗收等環(huán)節(jié)的職責和審批權限。

　　不論工程項目控制制度采取什么樣的形式制定，企業(yè)都應認真學習領會《企業(yè)內部控制基本規(guī)范》、《第11號應用指引》等法律法規(guī)的精神實質和原則要求，并以此為起點構建和實施工程項目內部控制。

　　6、繪制控制流程圖。一般而言，工程項目內部控制流程圖大多是業(yè)務流程圖，并沒有標注工程項目風險點和關鍵控制點。筆者認為，繪制工程項目控制流程圖要根據(jù)工程項目流程、風險點、控制點及其相關的控制措施，結合具體單位的實際情況來繪制。這里需要特別強調的是，應把工程項目內部控制流程和工程項目流程整合在一起，并在圖上標示風險點和控制點。

　　工程項目內部控制的設計成果是，形成《工程項目控制要點及關鍵控制表》、《工程項目內部控制目標表》、《工程項目內部控制措施表》、《工程項目控制證據(jù)表》、《工程項目制度完善建議表》、《工程項目控制流程圖》、《工程項目控制矩陣》等。