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老師您好，對于員工報銷的發(fā)票，在做賬的時候應該以實際支付金額為準。當員工報銷的發(fā)票金額為100元，實際支付金額為99元時，應將99元入賬，這也是符合實際實付金額的支付情況，另外，實際支付金額再次證明了員工的真實支出情況而且避免了上當受騙的情況發(fā)生。當然，也可以考慮將100元入賬，但需要增加1元的差額，以抵消報銷金額的差異。另外，為了保證報銷的財務及時性，同時追蹤可能的財務損失風險，可以在登記發(fā)票的時候，實行一定的審查機制，以及實行一定的財務控制，以確保報銷發(fā)票的真實性并避免不必要的財務損失。