專項審計調(diào)查，是指審計機關主要采用審計的方法，對與財政收支、財務收支有關或者本級人民政府交辦的特定事項，向有關地方政府、部門、單位和個人進行的專門調(diào)查活動。其主要的程序要求在于：

    專項審計調(diào)查事項應列入審計計劃，實行計劃管理。專項審計調(diào)查的事項主要有國家財經(jīng)法律、法規(guī)、規(guī)章和政策的執(zhí)行情況；行業(yè)經(jīng)濟活動情況；有關資金的籌集、分配和使用情況；本級人民政府交辦、上級審計機關統(tǒng)一組織或者授權以及本級審計機關確定的其他事項。這些事項即可單獨確定為專項審計調(diào)查項目，亦可結合項目審計，進行專項審計調(diào)查，但應納入審計計劃，實行計劃管理。

    專項審計調(diào)查，應成立專項審計調(diào)查組，制定好審計調(diào)查方案。按照審計計劃，審計機關應根據(jù)專項審計調(diào)查事項的大小和工作難易程度及要求，指派能足夠勝任該項工作的人員，組成調(diào)查組，確定調(diào)查組組長，實行組長負責制，明確責權。并由調(diào)查組組長負責擬定專項審計調(diào)查方案報請審計機關批準。在具體實施過程中，依據(jù)實際情況的發(fā)展變化，需要對專項審計調(diào)查方案進行調(diào)整，亦應在調(diào)整時補辦報批程序和手續(xù)。專項審計調(diào)查方案涉及的主要內(nèi)容包括調(diào)查的目標、范圍、內(nèi)容、程序、時間和人員分工等。

    在實施專項調(diào)查前，擬定并送達專項審計調(diào)查通知書，并索取《審計文書送達回證》。專項審計調(diào)查通知書應包括被調(diào)查單位名稱；調(diào)查的依據(jù)、范圍、內(nèi)容和時間；需要被調(diào)查單位配合工作的具體要求；調(diào)查組組長及成員名單等內(nèi)容。如果專項審計調(diào)查是結合項目審計開展的，可以在項目審計通知書中明確專項審計調(diào)查事宜。

    實施專項審計調(diào)查與實施項目審計的方法和要求是基本相同的。實施專項審計調(diào)查的過程中，主要采取審計的方法取得被調(diào)查單位的有關材料，與項目審計一樣，取得的證明材料應當客觀、相關、充分和合法，足以證明被調(diào)查事項。取得的有關重要事項的證明材料，應當由提供者簽名或者蓋章予以核實和確認。不能取得提供者簽名或者蓋章的，審計調(diào)查人員應當注明原因。審計調(diào)查人員向被調(diào)查單位之外的有關單位和個人調(diào)查時，應當履行出示審計人員的工作證件和專項審計調(diào)查通知書副本的手續(xù)和程序。

    專項審計調(diào)查組在實施專項審計調(diào)查結束后，要及時向派出調(diào)查組的審計機關提交專項審計調(diào)查報告。專項審計調(diào)查報告應包括調(diào)查的范圍、內(nèi)容和起止時間；被調(diào)查事項的基本情況；發(fā)現(xiàn)存在的問題及原因分析；調(diào)查結論和改進建議以及其他需反映的情況和問題。如果專項審計調(diào)查是與項目審計結合進行的，還應當將審計報告中反映的有關情況與調(diào)查結果一并匯總，形成專項審計調(diào)查報告。

    審計機關應認真審定專項審計調(diào)查報告，按時上報。審計調(diào)查組向審計機關提交專項審計調(diào)查報告之前，應將報告征求被調(diào)查單位的意見，就報告中所列的問題和情況作進一步核實。審計機關要對審計調(diào)查組提交的專項審計調(diào)查報告進行認真審議，審定后上報。對本級人民政府交辦的或審計機關自行安排的專項調(diào)查項目，應將調(diào)查結果報本級人民政府和上一級審計機關；對上級審計機關統(tǒng)一組織或者授權的專項審計調(diào)查項目，審計機關只將調(diào)查結果報告報上一級審計機關即可。

    對專項審計調(diào)查中發(fā)現(xiàn)的違反國家財經(jīng)法規(guī)行為，審計機關應依法作出相應的處理處罰。由于專項審計調(diào)查取得證明材料的方法主要是審計方法，在調(diào)查過程中，可能會發(fā)現(xiàn)被調(diào)查單位違反國家財經(jīng)法規(guī)行為，對此，審計調(diào)查組應及時報告審計機關，審計機關應依法作出相應的處理處罰。對于屬于本機關法定職權范圍的，可直接進行處理處罰，但處理處罰要按照項目審計法定的審計程序進行，程序必須到位和合法。對不屬本機關法定職權范圍的，應向相關部門和單位進行移送，并取得移送的證明文書……

    專項審計調(diào)查事項應認真建立完整的檔案，加強檔案管理。專項審計調(diào)查是審計機關的基本監(jiān)督形式之一，要求將專項審計調(diào)查事項的全部相關材料建立檔案進行管理。目前，有關項目審計的檔案管理已建立了較完善的制度，專項審計調(diào)查事項的檔案管理可參照執(zhí)行。