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（1）A注冊會計(jì)師在歸整審計(jì)檔案時(shí)存在問題。根據(jù)審計(jì)工作底稿準(zhǔn)則，注冊會計(jì)師在審計(jì)報(bào)告日后將審計(jì)工作底稿歸整為最終審計(jì)檔案，屬于審計(jì)工作的組成部分。在歸整審計(jì)檔案時(shí)，A注冊會計(jì)師不應(yīng)刪除或廢棄任何審計(jì)工作底稿。因此，A注冊會計(jì)師在完成審計(jì)業(yè)務(wù)后，于5月15日將審計(jì)工作底稿歸整為最終審計(jì)檔案時(shí)，不應(yīng)擅自刪除或廢棄任何審計(jì)工作底稿。 （2）A注冊會計(jì)師在歸整審計(jì)檔案后私下修改審計(jì)工作底稿也存在問題。審計(jì)工作底稿是審計(jì)證據(jù)的載體，是注冊會計(jì)師在審計(jì)過程中形成的審計(jì)工作記錄和獲取的資料。在審計(jì)報(bào)告日后，注冊會計(jì)師發(fā)現(xiàn)例外情況要求實(shí)施新的或追加審計(jì)程序，或?qū)е伦詴?jì)師得出新的結(jié)論，需要變動審計(jì)工作底稿時(shí)，應(yīng)當(dāng)記錄實(shí)施的程序、獲取的證據(jù)，以及作出的結(jié)論。但是，A注冊會計(jì)師在意識到甲公司存在舞弊行為后，私下修改了部分審計(jì)工作底稿，這違反了審計(jì)準(zhǔn)則中關(guān)于審計(jì)工作底稿的修改要求。 （3）ABC會計(jì)師事務(wù)所在保存審計(jì)工作底稿方面也存在問題。根據(jù)會計(jì)師事務(wù)所質(zhì)量控制準(zhǔn)則，會計(jì)師事務(wù)所應(yīng)當(dāng)制定政策和程序，以使審計(jì)工作底稿能夠反映審計(jì)計(jì)劃、審計(jì)程序、審計(jì)證據(jù)和結(jié)論，以及為審計(jì)意見提供充分支持的細(xì)節(jié)。同時(shí)，審計(jì)工作底稿應(yīng)當(dāng)妥善保存，確保完整性和安全性。然而，A注冊會計(jì)師擅自銷毀了甲公司的審計(jì)工作底稿，違反了這一要求。 對于ABC會計(jì)師事務(wù)所而言，應(yīng)當(dāng)對審計(jì)工作底稿實(shí)施以下控制程序： 建立完善的審計(jì)工作底稿管理制度，明確底稿的歸檔、保管、借閱和銷毀等程序。 確保審計(jì)工作底稿的完整性和安全性，防止底稿被擅自修改或銷毀。 定期對審計(jì)工作底稿進(jìn)行復(fù)核和檢查，確保其符合審計(jì)準(zhǔn)則和質(zhì)量控制準(zhǔn)則的要求。 對違反審計(jì)工作底稿管理制度的行為進(jìn)行嚴(yán)肅處理，確保制度的有效執(zhí)行。