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甲方扣了質(zhì)保金，乙方應(yīng)當(dāng)開票收入，根據(jù)《中華人民共和國稅收法》（貨物及加工、修理修配勞務(wù)稅法）的規(guī)定，質(zhì)保金的收入屬于貨物及加工、修理修配勞務(wù)的收入，需要進行發(fā)票登記，歸入應(yīng)稅收入中，可用于抵扣稅款。除了正常發(fā)票登記外，質(zhì)保金也可以記在其他應(yīng)收款里，但此時乙方必須在納稅申報時抵扣，以保證對稅款應(yīng)稅性的完整性。拓展知識：收取質(zhì)保金不僅可以增加發(fā)票登記金額，而且也可以增加企業(yè)的可用資金，使其及時補充原材料及產(chǎn)品，提高服務(wù)質(zhì)量，提升企業(yè)的發(fā)展和提高競爭力。