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因為雙方是獨立注冊的公司，不具備主從單位的關系。兩個分店的稅務處理都是根據(jù)獨立注冊的公司規(guī)則進行處理，首先要辦理稅務登記，根據(jù)登記時填寫的稅種，開展稅務報銷。準備好必要的票據(jù)和資料，相應的收入和支出扣除以及經營類別等，都要登記及核定，以便將來稅務報銷時出示和交代。 此外，還需要關注兩個分店之間的稅務處理，如貨物的進項和銷項發(fā)票，要求進入納稅范圍的發(fā)票報銷，以及服務提供方的結算方式的選擇，都要做好稅務處理，以防止出現(xiàn)違法或違規(guī)情況。 拓展知識：稅務處理中，還可以進行稅收優(yōu)惠政策的申請，比如稅收減免，減稅等，以減輕企業(yè)的財務負擔。