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差額征稅是指納稅人按照銷售額與進項稅額的差額計算應(yīng)納稅額的一種稅收征收方式。在物業(yè)公司計算水費的應(yīng)納稅額時，需要按照以下步驟進行：
1.首先，物業(yè)公司需要計算水費的銷售額。水費的銷售額是指物業(yè)公司向業(yè)主收取的水費金額，不包括增值稅。
2.然后，物業(yè)公司需要計算水費的進項稅額。水費的進項稅額是指物業(yè)公司向供水公司支付的水費金額中包含的增值稅。
3.計算差額。差額等于水費的銷售額減去水費的進項稅額。
4.計算應(yīng)納稅額。應(yīng)納稅額等于差額乘以增值稅稅率。

例如，假設(shè)物業(yè)公司向業(yè)主收取水費1000元，向供水公司支付的水費中包含的增值稅為100元，增值稅稅率為13%。那么，物業(yè)公司的應(yīng)納稅額為（1000-100）*13%=117元。

需要注意的是，差額征稅方式下，物業(yè)公司需要保留相關(guān)的銷售和進項稅票據(jù)，并按照稅法規(guī)定的期限進行申報和繳納稅款。