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車船使用稅滯納金的計算方式如下：
1. 滯納金起算日：自車船使用稅應納稅款的截止日期（一般為3月31日）后1日起算。
2. 滯納金計算日：自滯納金起算日起，每滯納1個月計算1%的滯納金。

例如，某車主應于3月31日前繳納車船使用稅，但未繳納，那么滯納金的起算日為4月1日，滯納金計算日為每滯納1個月計算1%的滯納金。如果該車主在5月31日前繳納，則滯納金為2%（4月份和5月份各計算1%），如果在6月30日前繳納，則滯納金為3%（4月份、5月份、6月份各計算1%），以此類推。

需要注意的是，滯納金的最高限額為應納稅款的50%，如果超過50%，則按照50%計算滯納金。