1、與《醫(yī)院會(huì)計(jì)制度》（1998）比較，正式下發(fā)的《醫(yī)院會(huì)計(jì)制度》（2010），其與《企業(yè)會(huì)計(jì)制度》上形式上更加趨同，增加了“短期投資”“長期投資”“累積折舊”和“應(yīng)付票據(jù)”科目，實(shí)際上說明了有關(guān)部門認(rèn)可醫(yī)院的投資行為和票據(jù)融資行為，認(rèn)為在財(cái)務(wù)核算上應(yīng)將醫(yī)院作為獨(dú)立經(jīng)濟(jì)核算單位。
2、與《醫(yī)院會(huì)計(jì)制度[征求意見稿]》比較，正式下發(fā)的《醫(yī)院會(huì)計(jì)制度》（2010），取消了有關(guān)預(yù)算的有關(guān)要求，更加符合財(cái)務(wù)會(huì)計(jì)核算的精神，畢竟，預(yù)算信息實(shí)際上屬于管理要求，直接強(qiáng)加在會(huì)計(jì)核算上不合適。
3、《醫(yī)院會(huì)計(jì)制度》（2010）設(shè)立了“待沖基金”科目，核算國家專項(xiàng)財(cái)政補(bǔ)助承擔(dān)的醫(yī)療成本，有利于真實(shí)反映醫(yī)院的醫(yī)療成本。
4、與《企業(yè)會(huì)計(jì)制度》對(duì)企業(yè)的財(cái)務(wù)報(bào)表附注要求不同，《醫(yī)院會(huì)計(jì)制度》（2010）增加了財(cái)務(wù)狀況說明書，以達(dá)到對(duì)財(cái)務(wù)管理包括預(yù)算管理、成本管理方面信息的要求，這是比《企業(yè)會(huì)計(jì)制度》規(guī)定上更加完善的方面，同時(shí)，也有利于國家加強(qiáng)對(duì)醫(yī)院管理方面的信息了解。
5、與《醫(yī)院會(huì)計(jì)制度[征求意見稿]》比較，正式下發(fā)的《醫(yī)院會(huì)計(jì)制度》（2010）取消了“生產(chǎn)成本”科目，是否妥當(dāng)有些保留意見，實(shí)際情況是，大型綜合醫(yī)院均存在自制制劑的情況，對(duì)于成本的核算，應(yīng)采取企業(yè)成本核算的方法和思路比較恰當(dāng)。