企業(yè)歸集的研發(fā)費用，與《企業(yè)所得稅法》所定義的可以加計扣除的研發(fā)費用是否一致？在現行新舊會計制度、準則并行的情形下，納稅人又該如何掌握稅前扣除的口徑？
《企業(yè)研究開發(fā)費用稅前扣除管理辦法（試行）》（國稅發(fā)[2008]116號）第七條規(guī)定，企業(yè)根據財務會計核算和研發(fā)項目的實際情況，對發(fā)生的研發(fā)費用進行收益化或資本化處理的，可按下述規(guī)定計算加計扣除：
（一）研發(fā)費用計入當期損益未形成無形資產的，允許再按其當年研發(fā)費用實際發(fā)生額的50%，直接抵扣當年的應納稅所得額。
（二）研發(fā)費用形成無形資產的，按照該無形資產成本的150%在稅前攤銷。除法律另有規(guī)定外，攤銷年限不得低于10年。
有納稅人問道，這里的“根據財務會計核算和研發(fā)項目的實際情況，對發(fā)生的研發(fā)費用進行收益化或資本化處理”應該如何理解呢？
根據《企業(yè)會計制度》（財會[2000]25號）第四十五條規(guī)定，自行開發(fā)并按法律程序申請取得的無形資產，按依法取得時發(fā)生的注冊費、聘請律師費等費用，作為無形資產的實際成本。在研究與開發(fā)過程中發(fā)生的材料費用、直接參與開發(fā)人員的工資及福利費、開發(fā)過程中發(fā)生的租金、借款費用等，直接計入當期損益。已經計入各期費用的研究與開發(fā)費用，在該項無形資產獲得成功并依法申請取得權利時，不得再將原已計入費用的研究與開發(fā)費用資本化。
而《企業(yè)會計準則第6號——無形資產（2006）》第十三條則規(guī)定，自行開發(fā)的無形資產，其成本包括自滿足本準則第四條和第九條規(guī)定后至達到預定用途前所發(fā)生的支出總額，但是對于以前期間已經費用化的支出不再調整。
納稅人的疑問正是源于上述新舊核算制度對企業(yè)自行開發(fā)無形資產的計量原則的不同規(guī)定�？梢哉f，在原制度下，研究與開發(fā)過程中發(fā)生的材料費用、直接參與開發(fā)人員的工資及福利費、開發(fā)過程中發(fā)生的租金、借款費用等，都直接計入當期損益；新會計準則下，符合條件的開發(fā)階段的費用是要進行資本化處理的。但現行法規(guī)并沒有對所有企業(yè)強制要求使用新準則，這種核算的差異必然引起研發(fā)費用扣除的差異。那么，納稅人執(zhí)行原會計制度與執(zhí)行新會計準則對加計扣除有什么影響？是否要進行納稅調整？
首先，符合稅法規(guī)定，加計扣除的研發(fā)費用分為兩種：一是直接計入當期損益；二是形成可攤銷的無形資產。根據國稅發(fā)[2008]116號文件第七條規(guī)定，如何界定費用化還是資本化，稅法采取了尊重企業(yè)財務會計核算的原則，既然現行法規(guī)并沒有對所有企業(yè)強制要求使用新準則，那么仍使用舊制度核算的研發(fā)費用，稅法應該也是認可的。
其次，也是最重要的一點，符合稅法規(guī)定加計扣除的研發(fā)費用與會計核算中研發(fā)費用的口徑并不一致。會計上作為研發(fā)費用核算的，稅法未必可以享受加計扣除。比如用于研發(fā)的房屋折舊，財政部《關于企業(yè)加強研發(fā)費用財務管理的若干意見》（財企[2007]194號）規(guī)定按照研發(fā)費用歸集核算，但國稅發(fā)[2008]116號文件卻沒有包括這部分內容。不難看出，國稅發(fā)[2008]116號文件中“允許在計算應納稅所得額時按照規(guī)定實行加計扣除”的各項費用支出，和財企[2007]194號文件中“研發(fā)費用”的核算內容相比，“直接、專門、現場、成果”一類的強調性字眼更多一些，稅前能否加計扣除，事關所得稅稅基，口徑嚴謹而細致。企業(yè)在對研發(fā)費用的日常核算中，對照財企[2007]194號文件規(guī)定執(zhí)行，但在進行加計扣除時，卻必須嚴格按照國稅發(fā)[2008]116號文件執(zhí)行，對研究開發(fā)費用實行專賬管理，如果開發(fā)費各項目的實際發(fā)生額歸集不準確、匯總額計算不準確的，主管稅務機關有權調整其稅前扣除額或加計扣除額。
需要提醒納稅人注意的是，同一企業(yè)同一時期，對不同事項在進行會計處理時，不能同時選擇適用新舊規(guī)定，即已經選擇執(zhí)行新準則的企業(yè)應全面執(zhí)行新企業(yè)會計準則體系，包括基本準則、具體準則和會計準則應用指南，所有事項不能再適用《企業(yè)會計制度》等舊規(guī)定。
最后，還需要提示納稅人注意的是，享受研發(fā)費用加計扣除的企業(yè)必須按照國稅發(fā)[2008]116號文件規(guī)定，對研發(fā)費用實行專賬管理，同時必須按照辦法附表的規(guī)定項目，準確歸集填寫年度可加計扣除的各項研發(fā)費用實際發(fā)生金額。在年度匯算清繳所得稅申報時向主管稅務機關報送辦法規(guī)定的相應資料。申報的研發(fā)費用不真實或者資料不齊全的，不得享受研發(fā)費用加計扣除，主管稅務機關有權對企業(yè)申報的結果進行合理調整。